Verso la metà del XVII secolo l'avvocato corfiota Tommaso Flanghinis lasciò alla Confraternita un notevole legato, esprimendo nel suo testamento (11 settembre 1644) il desiderio che fossero fondati una scuola e un ospedale, e contemporaneamente che ci si provvedesse al riscatto di prigionieri e alla dote di fanciulle indigenti. Il progetto della costruzione della scuola fu affidato al famoso architetto veneziano Baldassare Longhena ed entro la fine del XVII secolo furono eretti entrambi gli edifici sul lato nord della chiesa. Il Collegio Flanghinis, uno delle più importanti istituzioni per l'istruzione dell'Ellenismo, cominciò a funzionare nel 1665, iniziò a decadere dopo la fine della Serenissima e smise di funzionare nel 1905. Il regolamento del Collegio era simile a quelli dei collegi greci di Padova e di Roma. Gli studenti, dodici interni e altri esterni, provenivano da varie regioni greche e avevano la possibilità di continuare i loro studi all'università di Padova. Agli inizi del XVIII secolo gli studenti del Collegio pubblicarono due raccolte poetiche intitolate "Fiori di pietà", dedicati alla Madonna, e "Graeciae Obsequia Senatui Veneto", mentre il loro direttore Giovanni Patussas scrisse e diede alle stampe l'"Enciclopedia Filologica" in quattro volumi, prezioso sussidio per le scuole greche sotto dominazione Turca.