L'Archivio dell'Istituto è suddiviso in due parti: l'Antico (1498-1830) e il Nuovo (1830-1955).

Grande è la sua importanza per la storia della Confraternita, in quanto fornisce rilevanti informazioni sulla vita sociale ed economica dei Greci di Venezia, sull'arte, sull'istruzione e sulla storia ecclesiastica.

I registi più importanti sono i cataloghi dei membri, i verbali delle assemblee (Capitolari), i libri dei battesimi, nascite, matrimoni e morti, inventari, libri contabili e commerciali, lo statuto della Confraternita (Mariegola) e il codice dei testamenti e delle donazioni.

Le fonti archivistiche contengono testimonianze sull'amministrazione dei capitali della Confraternita, sulle questioni religiose (cancelleria degli arcivescovi di Filadelfia), sulla fabbrica della chiesa di San Giorgio, sul monastero, sull'ospedale e sul Collegio Flanghinis.

Nell'Istituto si conservano inoltre alcune bolle papali del XV e XVI secolo, documenti dei dogi di Venezia su pergamena (XVI - XVIII secolo) e lettere dei patriarchi di Costantinopoli, di Gerusalemme e Alessandria agli arcivescovi di Filadelfia (XVI - XIX secolo).